Es uno de los museos internacionales más grandes y el único de su tipo en Egipto, Oriente Medio, África, ya que está el primer museo que está dedicado a las civilizaciones más antiguas y prehistóricas. El Museo Nacional de la Civilización Egipcia está ubicado en la ciudad de Fustat (primer capital árabe en Egipto), parte de El Cairo Viejo, con la vista a la terma de "Ain Al Sira". Las exhibiciones del Museo estaban trasladadas de otros museos en Egipto como el Museo de El Cairo, el Museo del Arte Islámico, el Museo Copto, el Museo de las Joyas Reales en Alejandría.
En 1982, UNESCO, a petición del gobierno egipcia, hizo una campaña para construir el Museo de Nubia en Asuán y el Museo Nacional de la Civilización Egipcia en El Cairo. En 1999, buscaron a un sitio adecuado cerca de la Fustat y se eligieron el sitio actual. La primera piedra se colocó en 2002 para hacer uno de los museos de las antigüedades más grandes e importantes en el país. En 2017, Francés Ricciardone, el director de la Universidad Americana en El Cairo, donó 5000 de artefactos al Museo Nacional de la Civilización Egipcia. En febrero en el mismo año, el Museo Nacional se abrió parcialmente, solo la sala de exposiciones temporales de 1000 metros incluida una exposición temporal titulada "Artesanías e industrias egipcias a través de las edades", con el objetivo de mostrar el desarrollo de la artesanía egipcia (cerámica, tejido, carpintería, adornos). Esta exposición incluye alrededor de 420 artefactos seleccionados de algunos museos, maquetas, además de grandes pantallas que muestran películas documentales En 3 de abril de 2021, 22 momias de 18 faraones y cuatro reinas fueron transportadas al museo por el Museo Egipcio en un evento llamado "Desfile Dorado de las Momias Reales". Este evento marcó la inauguración oficial del Museo Nacional de la Civilización Egipcia.
El diseño del Museo está de un arquitecto egipcio quien fue el ganador del concurso internacional de la arquitectura. El Museo Nacional de la Civilización Egipcia está 23.236 metros cuadrados. El Museo exhibe una colección de 50 mil de artefactos que se refleje el desarrollo de la civilización egipcia desde épocas prehistóricas. La colección está dividida en dos sectores separados; uno temático y el otro cronológico. La colección cronológica se remonta a las épocas siguientes; prehistórica, arcaica, faraónica, grecorromana, copta, medieval, islámica, moderna, contemporánea. La colección temática refleja el desarrollo de la civilización, el Nilo, escritura, sociedad, cultura, material, religión, pensamiento, además de la sala de las Momias Reales.
El Museo Nacional incluye edificios de servicios, comerciales y recreativos, así como un centro de investigación para la ciencia de los materiales antiguos y la restauración. El Museo tiene varios medios de accesibilidad para personas con discapacidad especiales. Se construyeron entradas y pasajes especiales para facilitar sus visitas en el Museo.
Las momias reales están transportadas del Museo Egipcio en la Plaza de Tahrir en un gran evento del siglo XXI en 3 de abril. En el antiguo museo las Momias Reales fueron exhibidas en una sala pequeña, pero actualmente, las Momias están exhibidas junto a sus sarcófagos en una sala moderna en cajas con mejores condiciones de temperatura y de humedad para las momias. Aunque se trasladaron las momias en 3 abril, está sala no está abierta al público hasta 18 de abril. Las Momias están 18 momias de reyes y 4 de reinas. Originalmente las momias estaban en la tumba de Deir Al Bahari (DB 320), cerca del Templo de Hachepsut, y en la tumba de Amenhotep II (KV 35) en el Valle de los Reyes, para conservarlas lejos de sus tumbas originales.
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